交易费用经济学是威廉姆森等人在科斯交易费用理论的基础上发展而来的。在科斯之前，古典厂商理论和新古典经济学企业理论在分析厂商行为的过程中都没有对企业的存在原因作出合理的解释，把企业认为是一种客观存在。1937年，作为新制度经济学开创者的在《企业的性质》一文中首次提出交易费用的概念，并用它解释了企业的本质和边界问题。科斯认为，市场机制的运行存在成本，正是这种成本交易费用）的存在导致了企业的出现。在探讨企业本质的过程中，科斯提企业和市场是两种可以相互替代的资源配置方式，两种方式的不同之处在于：市场由价格机制主导，企业由某种权威（企业家）的行政命令进行调。通过建立一种组织，由权威来支配资源，就可以节省交易费用，因此，企业的本质就在于对市场和价格机制的替代。科斯同时还认为，交易费用的概念同样可以用来解释企业的边界问题。因为企业在替代市场的过程中同会产生成本，即内部组织成本。“当一个企业扩大的一笔额外的内部交易扛，等于在市场上进行这笔交易的成本”时，企业的边界就确定了。

威廉姆森在科斯交易费用的基础上，于1975首先把交易费用分成事前交易费用和事后交易费用，同时引入有限理性和机会主义的概念，分析了交易费用产生的原因。对交易费用的决定因素，威廉姆森提出了三维度分析方法：资产的专用性、不确定性和交易频率。

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